در ایران دو نوع منطقه خاص برای انجام فعالیتهای اقتصادی با امتیازهای منحصر به فرد وجود دارد. نوع اول منطقه آزاد تجاری و نوع دوم منطقه ویژه اقتصادی است، اما گاه افکار عمومی و حتی سرمایهگذاران تعاریف و تفاوتهای این دو منطقه را بدرستی نمیدانند؛ در حالی که قوانین و مقررات این مناطق با یکدیگر متفاوت است.
هم اکنون در ایران هفت منطقه آزاد وجود دارد؛ که شامل منطقه آزاد کیش، قشم، چابهار، ارس، اروند، انزلی و ماکو هستند. در حالی که مناطق ویژه اقتصادی از مرز ۲۶ گذشته است. با این حال و بر اساس اعلام مقامات دولت یازدهم قرار است ۱۴ منطقه آزاد و ویژه اقتصادی جدید نیز در کشور تاسیس شود.
مناطق آزاد تجاری و مناطق ویژه اقتصادی با رویکرد رشد صنعت و اشتغال، جذب سرمایههای خارجی، ایجاد فرصتهای شغلی جدید، کسب درآمد ارزی و افزایش صادرات، دستیابی به فنآوری پیشرفته، جذب نقدینگی سرگردان داخلی و کمک به مهار تورم و محرومیتزدایی تاسیس شدهاند. با این حال کمیت و کیفیت مشوقهایی که در این مناطق به سرمایهگذاران ارائه میشود، باهم متفاوت است؛ به گونهای که مشوقهای فعالیت اقتصادی در مناطق آزاد بسیار جذابتر از مناطق ویژه است. به عنوان نمونه در مناطق آزاد تجاری، معافیتهای گمرکی و مالیاتی صفر یا بسیار پایین در نظر گرفته شده تا افراد برای سرمایهگذاری تشویق شوند. بر این اساس در ایران معافیت مالیاتی کامل به مدت ۱۵ سال در مناطق آزاد وجود دارد، اما در مناطق ویژه اقتصادی صرفا تخفیف مالیاتی طبق مقررات داخل کشور ارائه میشود؛ یعنی مناطق ویژه برخلاف مناطق آزاد از معافیت کامل برخوردار نیستند.
از سوی دیگر در مناطق آزاد تجاری برای عوارض گمرکی و صادرات و همچنین واردات کالا نیز بخشودگی کامل سهم دولت در نظر گرفته شده است، اما این موضوع درباره مناطق ویژه صد در صد نیست و بسته به موضوع فعالیت تخصصی منطقه؛ تغییر میکند.
در تفاوت دیگر مناطق آزاد و ویژه اقتصادی میتوان به بحث خردهفروشی اشاره کرد. خردهفروشی کالا در مناطق ویژه اقتصادی فقط برای اتباع خارجی امکانپذیر است، اما در مناطق آزاد تجاری، خردهفروشی هم برای اتباع خارجی و هم اتباع داخلی امکانپذیر میباشد.